卵巢巧克力囊肿手术方法首选囊肿剔除术，若患者合并不孕症，可同时进行宫腔镜检查及输卵管通液术。
术中应仔细检查盆腔，尤其是后盆腔；同时还要注意分离粘连的部位，看清输尿管走形或分离输尿管，直肠子宫陷凹粘连者要打开直肠子宫陷凹。
术后应反复冲洗腹腔，以减少术后感染及发热，同时应用防黏连制剂预防黏连。为了加强手术治疗的效果、减少术后疼痛及病灶的复发，术后应常规应用避孕药。术后24-48h内对患者的呼吸、脉率、血压等生命体征持续监护或定期监测，注意出入量平衡，维持有效循环血量，注意输液速度，防止诱发肺水肿与心衰。
