高位肛瘘可以采取挂线疗法。挂线疗法通常是用橡皮筋或者带有腐蚀性药物的线起到机械压迫性的作用，缓慢的切开瘘管。同时还可以引流瘘管，将瘘管中的渗出液排除体外。挂线疗法最大的优点不会造成严重的肛门失禁，且创面较小，患者承受的痛苦较小。挂线术后需要每日进行坐浴，使整个创面保持清洁。一般挂线10到14天后，挂线的组织会自行断裂脱落。对于挂线疗法效果不佳的患者，还可以同时运用堵塞法进行治疗，可以用生物蛋白或者动物源性的生物栓从瘘管的外口注入瘘管，促进瘘管愈合。
