高位肛瘘手术相对比较复杂，一般是做挂线手术或肛瘘切除术，挂线手术不会引起肛门失禁且在挂线的同时起到引流的作用，此手术操作简单、出血较少，随着药线的缓慢切割组织不断炎症纤维化与周围组织粘连达到治疗目的。
挂线手术后一般两周左右挂线组织就会自行切开断裂，要达到伤口愈合需要40天到两个月左右，复杂性的高位肛瘘由于内口较多，愈合需要三个月左右，当然，体质好、术后积极换药、清洁护理伤口的情况下愈合速度会相对快一些。
此外，手术切除范围过大也会增加伤口愈合时间，合并有全身性的疾病，如糖尿病、凝血功能障碍等也会增加愈合时间。
