治疗肛瘘的常见方法有堵塞法、瘘管切开术、挂线疗法、瘘管切除术等。大部分的肛瘘很难自行愈合，都需要通过临床干预进行治疗。堵塞法是指用生理盐水冲洗瘘管后，再用生物蛋白胶从瘘管外口注入。此方法适用于单纯性肛瘘。瘘管切开术适用于低位瘘管，是指将瘘管全部切开，露出管腔，然后靠肉芽组织二期愈合。挂线疗法适用于单纯性高位肛瘘，一般是用橡皮筋或者带有腐蚀药物的线将肛瘘缓慢切开，最大的优点是不会引起严重的肛门失禁。肛瘘切除术适用于低位性单纯性肛瘘，是指将瘘管全部切除，不缝合创面，使其敞开自行愈合。
