HPV疫苗不能用来治疗扁平疣。HPV病毒，全称为人乳头瘤病毒，是球形DNA病毒，能引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖，临床表现为寻常疣、生殖器疣、扁平疣等。HPV疫苗主要是为了预防宫颈癌而研发出来的一种疫苗，包括三种价型，分别是二价、四价、九价。
扁平疣属于普通皮肤病，多发生在面部和躯干部位，为2-5毫米左右大小的类圆形扁平丘疹，呈肤色或者淡褐色，表面光滑，沿皮肤损伤表面种植。可外用涂抹药物治疗，也可以通过冷冻法和激光法治疗。
