激光去扁平疣有可能复发，也有可能不复发，主要与免疫系统的功能有关。
激光去扁平疣，只是单纯去除了扁平疣的疣体，并不能将体内的人乳头瘤病毒清除掉。只要体内的人乳头瘤病毒持续存在，并且不断增生、繁殖，就会导致局部的上皮细胞异常增生，随着时间延长会形成新的赘生物，表现为扁平疣复发。所以，激光去扁平疣后有可能复发。
如果身体免疫系统的功能比较好，可以有效抑制人乳头瘤病毒增殖的速度，就可以降低扁平疣复发的几率，甚至不复发；如果免疫系统的功能比较差，人乳头瘤病毒增殖的速度比较快，复发的几率就会比较高。
