巧克力囊肿的诊断方法有以下几种：
第一， B超检查。做妇科B超对诊断巧克力囊肿有决定性的价值，通过B超可以发现有囊肿的区域为无回声密集光点。
第二，盆腔核磁共振检查。做此检查，除了可根据信号强弱判断巧克力囊肿外，还可了解盆腔子宫内膜的病变严重程度。还可发现周围其他脏器是否异常，例如直肠、输尿管粘连等，还可以制定后续治疗方案。
第三，腹腔镜检查。通过腹腔镜可诊断巧克力囊肿的位置以及囊肿的大小，还可通过腹腔镜做组织病理诊断，判断囊肿的良恶性质。
