肝内胆管结石一般较难治愈，若不及时进行干预，会引起各类并发症，预后较差，严重者甚至可引起癌症。肝内胆管结石可导致胆道系统慢性感染，急性发作时可表现为化脓性胆管炎，甚至可引起脓毒血症，造成感染性休克；当胆管结石导致胆管感染时，可形成单发或多发的肝脓肿，从而引起肝区压痛、发热、寒战等；极少数肝内胆管结石引起的炎症，进一步发展波及血管，可造成胆道出血，患者可出现呕血、便血、胆绞痛等症状。肝内胆管结石还是引发胆管癌的高危因素。
