肝穿刺的主要并发症有出血、邻近脏器损伤、继发性感染等。
肝脏是一个血液很丰富的脏器，肝门处有肝动脉、门静脉、肝静脉、下腔静脉等大血管走行，位置不得当很容易伤及大血管。同时肝脏是由许多血窦组成的脏器，肝穿刺前应该完善血常规、凝血功能等相关检查。肝脏周围毗邻许多其他器官，肝穿刺也可损伤胆囊、肾脏、胃、肠道等。穿刺位置靠上，还可引起气胸。若穿刺部位皮肤消毒杀菌不合格，还可造成继发性感染，严重者可引起脓毒血症。因此做有创检查时要特别注重无菌操作。当然以上所提到的并发症发生概率都十分低，总体来说肝穿刺的安全性非常高。
