巧克力囊肿的病因比较复杂，发病原因可能和遗传因素、免疫因素、经血逆流异常种植有关系，具体分析如下：
1.免疫因素。免疫因素出现异常，无法将宫腔外的子宫内膜细胞消除，种植在卵巢内可发展成巧克力囊肿。
2.遗传因素。巧克力囊肿的发病具有家族倾向，如果上一代患有巧克力囊肿，子代女性患病的风险会提高。
3.经血逆流种植。正常情况月经中含有脱落的子宫内膜碎片，会随着经血从阴道流出，如果经血经宫腔向输卵管逆流，种植在卵巢内，会形成巧克力囊肿。
