巧克力囊肿的检查方式主要包括以下几方面：
第一，B超检查。对诊断巧克力囊肿有很高的价值，典型的巧克力囊肿在做超声影像时为无回声区内有密集的光点。在诊断巧克力囊肿时，建议首选阴超，如无法做阴超，可做直肠超声或者腹部超声。
第二，盆腔核磁共振检查。对巧克力囊肿具有很好的诊断价值，可以根据囊肿内容物所含的信号强弱，对巧克力囊肿做出准确的判断，还能了解盆腔子宫内膜异位症的炎症程度，以及周围的其他脏器，如输卵管、直肠有无粘连，还能够对较小的卵巢肿物进行鉴别诊断。
