巧克力囊肿形成的原因具体如下：
第一，经血逆流异位种植学说。正常月经血中含有子宫内膜碎片，会从宫腔向阴道流出，如果月经血经宫腔向输卵管逆流种植在盆腔、腹腔，并种植部位继续生长、侵袭、蔓延，形成盆腔子宫内膜异位症，若种植在卵巢部位，会形成巧克力囊肿。
第二，淋巴及静脉散波学说。在远离盆腔部位出现异位病灶时，通过淋巴管、静脉管腔播散所致。
第三，遗传学说。如果母亲、姐妹患有巧克力囊肿时，其子代女性患病的风险会提高多倍。
