巧克力囊肿形成的原因有：
1、妇科手术，如人工流产、引产、输卵管通液、子宫锥切手术等，这些手术可导致子宫内膜碎片进入到盆腔中或卵巢中。当进入到卵巢中后，碎片随着月经周期生长，就可导致不同程度的巧克力囊肿。
2、生殖道畸形如阴道横隔、斜隔，这些情况会导致子宫内膜碎片不易被排出子宫，血液逆流进入到卵巢中，从而引起巧克力囊肿。
所以妇科手术通常建议月经干净3-7天手术，防止增加经血逆流种植的机会，有畸形要积极治疗防治发生巧克力囊肿。还有一些患者没有明显原因，只是因为痛经做彩超发现。
