如果患有巧克力囊肿较大或合并不孕，建议做手术进行治疗，可以选择做做腹腔镜下囊肿剔除手术。女性卵巢巧克力囊肿，又称卵巢子宫内膜异位囊肿，可引起严重痛经、月经量增加、影响正常妊娠。对于有计划生育的年轻女性来说，巧克力囊肿直径大于4厘米，应及时进行手术，对恢复正常排卵和正常受孕功能有很大帮助。如果直径小于4cm，症状较轻，建议尽早怀孕。怀孕后体内孕酮水平升高，可抑制异位子宫内膜生长，缩小病灶。对于接近绝经的老年妇女，也可以遵医嘱使用激素类药物来提前绝经。
