巧克力囊肿是由于异位于卵巢的盆腔子宫内膜异位症引起的。子宫内膜会在雌孕激素的影响下发生周期性脱落,这是正常的现象。同样如果子宫内膜异位于卵巢,在雌孕激素的作用下会周期性脱落,长期淤血进而形成囊肿。同时由于周围盆腔组织反复出血引起的纤维化,巧克力囊肿通常与周围组织形成致密粘连,包裹血液及坏死组织,也会形成囊肿。多数巧囊伴有盆腔其他部位的子宫内膜异位症,因此出现继发性进行性痛经。若长时间未得到治疗,就会出现下腹痛的现象,特别是在行经期,表现得特别严重。