巧克力囊肿可通过以下方法来检查：
1、病史，
首先要了解患者的病史，如患者有流产史、生产史、家族史、妇科手术史等，这样更利于判断病情。
2、腹腔镜检查，腹腔镜检查是通过腹腔镜对盆腔、卵巢等位置进行窥视，如有巧克力囊肿存在，就可以通过腹腔镜检查来确诊，并且能判断出巧克力囊肿的位置以及大小。
3、影像学检查，可通过B超、彩超等来对巧克力囊肿进行检查，影像学检查可以更好的看到囊肿里的物质以及囊肿的形成是否跟月经周期有关系。只是影像学检查的回声图像不具备特异性，所以不能用来确诊病情。
