巧克力囊肿的严重性需要结合囊肿的位置、身体的临床症状、囊肿的大小以及是否有生育要求等情况来决定。如果患者痛经比较严重,但囊肿不是很大,出现这种现象主要是选择手术治疗。如果在做检查时发现巧克力囊肿体积比较大,已经出现下腹部疼痛的现象,也需要采取手术进行治疗。如果患者有生育需求,通过规范治疗一年还没有怀孕,也需要通过手术进行医治。如患者没有生理需求,囊肿比较小,痛经也不是特别的严重,并不用采取治疗措施,只要定期到医院复查观察囊肿的大小即可。