巧克力囊肿复发率高，巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜在异位种植之后引起的病症，而通过手术，无法完全将具有生长活性的子宫内膜细胞根除掉，所以之后若有诱发条件，会导致复发。例如自身疾病无法治愈、多次人工流产、行腹腔镜手术等，都可诱发巧克力囊肿。若女性确诊为巧克力囊肿之后，需要根据囊肿的大小、位置以及自身是否有生育要求，选择治疗方式，例如药物治疗、手术治疗等。如果是有生育要求的女性，在治疗巧克力囊肿之后，可根据医生意见尽早实施备孕计划。
