巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，可以通过药物或者手术进行治疗。治疗的原则是使囊肿减小或去除病灶、减轻疼痛、预防复发、恢复生育能力。可以根据患者的年龄、是否有生育要求、病变的范围来决定治疗的方案。
药物保守治疗是服用药物后达到人工闭经，呈现一个假孕的状态。对于药物治疗效果不好、较大的巧克力囊肿腹腔镜手术是首选的治疗方法。如果有生育要求，可以切除病灶，保留生育功能，没有生育要求的情况下，可以做根治性手术。术后通过药物治疗，能够防止复发或者是推迟复发。
