巧克力囊肿和卵巢囊肿的发病原因不同，症状不同。巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，是由于经期同房、剖宫产手术或者盆腔手术诱发出现的现象。而卵巢囊肿是由于卵巢分泌的雌性激素过高、刺激引起的生理性黄体囊肿和病理性卵巢囊肿。生理性囊肿会自行消失，病理性的囊肿与继发感染、激素异常、环境、饮食有一定的关系。巧克力囊肿会使女性出现痛经、不孕现象，而卵巢囊肿并不会导致女性身体出现任何的不适症状。但两种囊肿都会出现恶变、破裂扭转，引起急性的下腹部疼痛。
