巧克力囊肿形成的原因主要涉及到机体免疫功能、遗传、环境等因素。主要学说包括以下几种：1、经血逆流种植学说：月经血会经过输卵管逆流到盆腔里，经血里有一些细胞在盆腔里扎根、发芽、生长，形成了子宫内膜异位；2、体腔上皮是由于间皮组成，但是这种间皮如果向上皮发展会形成子宫内膜异位症；3、免疫缺陷导致经血中的细胞种植于卵巢，引起巧克力囊肿。
