一般情况下，卵巢巧克力囊肿可通过以下几种方式进行治疗：
对于病程早期及病情较轻的患者，可采用药物治疗方式。药物治疗主要可抑制卵巢功能，达到阻止病情发展的目的。一般可在医生指导下使用米非司酮片、孕三烯酮胶囊等药物进行治疗。
对于药物治疗效果不理想、病情加重、囊肿直径大于等于4厘米、有生育需求患者等，可采用手术治疗方式。主要通过切除病灶的方式，达到恢复正常生理的目的。一般可在医生指导下，根据不同情况采用保留生育功能手术、保留卵巢功能手术、根治性手术等进行治疗。
巧克力囊肿可通过采取积极治疗手段治愈，但复发率较高。因此患者应在日常生活中做好防寒措施，避免着凉，并定期复查，以达到更好的治疗效果。
