卵巢巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。其病因尚不明确，可能与以下几种因素有关：
该病具有家族聚集性，可能是多基因或多因素遗传的结果。
月经期脱落的子宫内膜随着经血逆流，可经输卵管进入腹腔，种植于卵巢，并在该处继续生长和蔓延。此外，子宫内膜还可通过淋巴和静脉向远处播散，种植在卵巢，从而导致卵巢巧克力囊肿。
卵巢表面的上皮可由胚胎时期具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来。体腔上皮细胞受到卵巢激素、经血及慢性炎症反复刺激，可能会被激活，转变为子宫内膜样组织，从而导致卵巢巧克力囊肿。
异位的子宫内膜属于一种异物，可能会激活体内的免疫系统。当免疫功能较差，或误将异位的子宫内膜当做正常组织，都有可能会发展为卵巢巧克力囊肿。
日常生活中，女性应注意观察自身症状，如果出现异常，应及时就诊治疗。
