女性肚脐眼左侧3cm疼，有可能是肠道疾病，也有可能是胰腺疾病导致，还有可能是肾和输尿管的疾病。这种情况应该到医院详细检查，查明病情以后再进行相应的治疗。
肚脐左侧内部有肠道，如果出现肠道疾病，比如炎症肿瘤等，就有可能会导致疼痛，可以做一下结肠镜检查看看肠道内的变化情况，如果有肠道疾病可以根据具体情况进行治疗，比如肠道炎症引起的，可以使用抗菌消炎药物治疗，比如可以使用左氧氟沙星胶囊、肠炎宁胶囊等。
因为腹部里面有胰腺，如果出现胰腺疾病也会出现疼痛。比如胰腺炎、胰腺肿瘤等，可以通过彩超及淀粉酶检查，看看有没有胰腺疾病，再根据具体情况进行治疗。
如果出现肾炎、肾结石等也有可能会导致这个部位疼痛。可以通过彩超、尿常规等检查进行诊断治疗，主要是根据具体情况进行治疗，比如肾结石引起的，可以使用排石药物或者手术的方法治疗。
因为腹部的脏器比较多，病情比较复杂，出现一个部位疼痛，有可能是多个脏器的病变导致的，所以需要详细查明原因以后再进行治疗。
