肛瘘会引起肛门失禁，肛瘘若没有及时治疗，或者病情没有得到有效控制，会反复发作，若累及肛门括约肌会导致其功能异常或缺失，此时通过手术治疗，也无法完全保留肛门正常功能，让患者出现控便异常或者肛门失禁。
复杂性肛瘘患者，手术后也有少数会出现肛门失禁，轻度患者会出现暂时性失禁，而严重的可能会形成永久性失禁。
肛瘘的诱发因素多数和不健康饮食、生活习惯有关，例如常吃油腻、刺激的食物，导致大便习惯和性状改变，容易增加肛周脓肿及肛瘘的发生几率。长期熬夜、喝酒抽烟、过度劳累、久坐等，都可引发肛周脓肿和肛瘘。
