胃肠间质瘤的临床表现，主要是胃肠道症状、体重改变、出血倾向等。由于胃肠间质瘤的病变部位在消化系统，所以一部患者会有腹胀、腹痛、排气排便异常、食欲减退等胃肠道的症状。
其次，由于患者胃肠道的不适感，会引起患者进食量的减少。同时加上本病的消耗性，所以患者的体重会明显减轻。
另外，由于胃肠道血管分布较广，当肿瘤细胞侵犯局部的血管时，就容易引起出血导致黑便或者血便。随着肿瘤细胞的不断增大，患者腹部甚至可以触到或看到明显的肿物。还有可能会伴随心慌、乏力、发热等症状。
