一般情况下，巧克力囊肿术后三个月一侧疼的原因及治疗方式如下：
巧克力囊肿通常情况下是指女性的子宫内膜异位，在患者之前的手术中，可能在切除过程中并没有切除干净，会出现部分残余，导致子宫内膜增生。患者需要在术后做好预防的措施，在日常生活中注意护理，保持个人卫生，勤换洗内裤，控制性生活的频率。
如果患者不注意日常的卫生习惯，导致阴道感染引起炎症，从而可能引起复发，建议患者在医生的指导下应用抗炎的药物进行治疗，如阿莫西林、头孢菌素等。
主要是由于遗传因素、免疫因素、炎症刺激等原因引起的，通常伴有下腹痛、月经异常等症状。建议患者在医生的指导下应用布洛芬、吲哚美辛等药物进行治疗。
如果患者处于排卵期，体内激素水平会发生变化，此时盆腔充血，卵泡变大，从而出现腹部疼痛的情况。建议患者日常生活中注意腹部保暖，避免受凉。
