巧克力囊肿复发可能是因为治疗不彻底，炎症刺激等因素引起的，需要针对情况采取治疗措施。
巧克力囊肿手术切除之后，仍然会有散在的子宫内膜异位组织在卵巢组织内存在，异位的子宫内膜组织在月经周期的影响下，还可能会重新出现小的出血点，形成积血并逐渐增大，长期以往会导致巧克力囊肿复发。若巧克力囊肿复发后有明显的临床症状，可以再次进行手术切除治疗，比如腹腔镜手术，即通过手术将病灶切除，术后还需要给予雌激素类的药物治疗，例如戊酸雌二醇片，能减少疾病的复发率。
如果巧克力囊肿治疗后宫腔内再次发生炎症，由于炎症长时间刺激也会使巧克力囊肿复发，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种类型，所以该疾病的发生和炎症有很大关系。对于年龄较大或没有生育要求的女性，可以进行根治性手术切除治疗，因为根治性手术切除后巧克力囊肿基本不会再复发。
如果女性平时性生活较为频繁，也可能会导致巧克力囊肿再次复发，尤其是经期性生活，子宫的收缩导致子宫内膜随着经血流入卵巢、腹腔，种植在宫腔内后，容易引起巧克力囊肿复发。一般要及时进行手术切除治疗，术后要做好相应的护理措施，平时要注意性生活适度，月经期间要避免性生活。
巧克力囊肿复发除了上述原因外，也不排除是子宫病变、内分泌因素等导致的，需及时前往医院完善检查判断原因后，再进行治疗。
