原发性肝癌的主要转移部位分为肝内和肝外，其中最常见的是肝内转移，即肝脏内可出现多个病灶，肝外转移的器官则依次为肺、骨、脑、淋巴结、腹腔、肾上腺等。
由于肝癌常合并慢性肝病，因此肝癌常呈多中心生长，或者肿瘤细胞通过肝内门静脉血流发生肝内转移，即使是早期肝癌手术后也有接近50%的复发可能。手术后病理如果提示脉管癌栓，往往预示肿瘤复发风险较高。
此外，由于肝脏血流丰富，肿瘤细胞可经血行转移至全身多个器官，如肺、骨、脑，肝癌也可发生淋巴结转移，或者肿瘤细胞从表面脱落发生腹腔种植转移和肾上腺转移。
