肝囊肿大部分经过手术或局部治疗后可以治愈，部分病例有可能复发，小的肝囊肿一般不需要治疗。
肝囊肿为良性病变，不向周围组织浸润和蔓延，邻近肝脏组织保持正常的结构。直径小于5cm的肝囊肿一般不需要治疗。肝囊肿体积较大、数量较多，出现破裂出血、继发细菌感染等，需要给予积极的对症治疗，同时应局部抽液引流或肝囊肿切除手术治疗，经上述治疗后大部分可以治愈。
个别肝囊肿患者，经过上述治疗后，经过一段时间，肝囊肿有可能复发，患者需要注意。
