儿童生殖细胞肿瘤属于先天性肿瘤，从这个角度来说，从出生到发病之前都是潜伏期。从肿瘤开始出现到生长到出现症状，这段时间并不固定，也和不同的肿瘤成分与肿瘤的部位有关。
如果是成熟畸胎瘤，通常生长的速度非常缓慢，发病时间一般以年计算。而如果是未成熟畸胎瘤，或者生殖细胞瘤，发病时间就会明显缩短，可以以月计算，但肿瘤并不是匀速生长，可以是开始很慢或者静止，之后迅速增大。如果含有卵黄囊瘤、胚胎癌和绒癌这三种肿瘤成分，病程会进一步缩短，甚至绒癌会引起肿瘤出血，引起急症。
同时肿瘤位于不同的位置也会影响病程，位于松果体区的肿瘤，可能会早期压迫中脑导水管而引起梗阻性脑积水，导致患儿早期出现颅内高压的症状。
