大部分胆总管囊肿手术后不会复发，个别患者有复发的可能。
胆总管囊肿，大部分都是由于先天发育异常所引起的胆总管扩张现象，部分患者伴有肝内胆管扩张，部分患者不伴肝内胆管扩张。
不伴有肝内胆管扩张的胆总管囊肿，也就是Ⅰ-Ⅲ型胆总管囊肿，通过囊肿切除及胆道重建手术治疗，通常都可以达到治愈的效果，术后一般不会复发。
伴有肝内胆管扩张的胆总管囊肿，也就是Ⅳ型、Ⅴ型胆总管扩张，由于胆管系统扩张的范围比较广泛，手术时不可能将所有异常扩张的胆管都切除，所以可能达不到彻底治愈的效果，术后复发的几率比较大。
