肝内胆管结石和胆囊结石，在治疗上的区别主要如下：
肝内胆管结石，只要引起了明显的临床症状、或者单个结石的直径超过了1.0cm及以上，都需要尽快进行手术治疗。胆囊结石在不引起严重并发症的情况下，如果患者暂时不愿意手术治疗，可以暂缓手术。
肝内胆管结石的手术治疗，包括胆道镜下切开胆管、取出结石的手术，也包括部分肝脏切除手术，具体手术方式，需要根据患者的病情进行选择；胆囊结石的手术方式，包括切开胆囊取出结石的手术或者直接摘除胆囊。
全肝弥漫性的肝内胆管结石患者，可能需要做肝脏移植手术治疗；胆囊结石的患者一般不需要这种手术。
