胃肠间质瘤的分级标准是根据肿瘤大小、核分裂像和肿瘤发生部位等决定的。
胃肠间质瘤大部分是良性的，但是也有部分胃肠间质瘤是恶性的。临床上把胃肠间质瘤分为极低风险、低风险、中等风险和高风险，其中采用的检测指标包括肿瘤大小、肿瘤的核分裂象和肿瘤的发生部位。极低风险是指胃肠间质瘤是良性的，而高风险则是指胃肠间质瘤是恶性的可能。
如果检查发现胃肠间质瘤是高风险建议尽快通过手术进行切除治疗，如果检查是极低风险、低风险、中等风险的胃肠间质瘤就可以暂时给予观察。
