早期肝癌的手术方法主要是肝脏切除术，以肝癌所属的肝段切除为主，大部分患者可以做腹腔镜肝切除术，创伤小、出血少，病人恢复得很快。
特定部位的肝癌，比如说没有邻近重要的大血管的肿瘤，如果超声定位准确，也可以做射频消融术，就是穿刺一根针到肿瘤的部位，通过针尖的加热将肿瘤毁损。
但这些手术都不能预防残余肝脏再次新生肝癌，所以早期肝癌最彻底的手术方法是做肝移植，因为肝移植可以将硬化的肝脏彻底更新，这就消灭了肝癌复发的基础，相当于改良了大环境，可以最大程度的治愈肿瘤。
