自身免疫性肝硬化主要是自身免疫性肝病造成，其中自身免疫性肝炎最多。
自身免疫性肝炎是由自身免疫反应介导的慢性进行性肝脏炎症性疾病，其临床特征为不同程度的血清转氨酶升高、高γ-球蛋白血症、自身抗体阳性，组织学特征为以淋巴细胞、浆细胞浸润为主的界面性肝炎，严重病例可快速进展为肝硬化和肝衰竭。
遗传易感人群在环境因素，比如病毒、感染等因素的诱发下，发生免疫耐受的突破，产生针对肝脏自身抗原的免疫反应，从而破坏肝细胞，导致肝脏炎症坏死，并可进展为肝纤维化、肝硬化。病人可出现乏力、疲倦、黄疸、腹水等临床表现。化验肝脏酶学异常、自身抗体阳性。
