如果肝内胆管结石较小且无症状，无需干预，定期检查即可，平时注意饮食和生活习惯，对于较大或有症状的肝内胆管结石则需积极治疗。
患者出现疼痛症状时可采取止痛药物对症治疗，以在短期内改善疼痛症状；合并感染时需使用抗生素控制炎症，营养不良者需采取营养支持治疗；对于较大的肝内胆管结石，肝功能不佳，无法耐受肝切除的患者，可采取经皮经肝胆管介入取石的治疗方法；如果局部肝脏受累，可将连同肝内胆管结石在内的肝部分切除，如果合并有严重肝硬化、肝功能衰竭，则应考虑肝移植。
