做肠镜检查可能会痛苦，影响肠镜检查时疼痛感觉的因素有很多，例如肠管的软硬、患者的肠道蠕动情况、医生的操作手法、患者自身的肠道结构等。
做硬管镜患者会有过多不适感，不需要做特殊准备，而做乙状结肠镜和直肠镜检查时需要提前灌肠，以清空肠道来获得较好的观察视野。除此之外，做检查时，病人要选择比较舒服的体位，医生操作时的动作应轻柔。
做肠镜时还会打气扩张肠道，在这个过程中，病人会出现胀痛感，但大多人可以耐受，而且随着医学发展，临床上已经有了短暂麻醉的无痛肠镜，但做肠镜时应与操作医生配合，及时与医生交流，且无痛肠镜需要在麻醉医师的指导下进行预约，时间较长。
