肾结石引起肾功能衰竭，通常和肾结石造成的肾梗阻有关，所以，最根本的是需要解除梗阻，在治疗时需要针对肾结石进行有效的治疗。
肾功能衰竭者如果产生严重的疼痛时，可先给予非甾体镇痛抗炎类药物，通过此类药物能起到较好的消炎止痛效果，改善临床症状。对于存在感染者还需要给予抗生素类药物控制感染。
对于较小的肾结石通常可给予排石药物，通过排石药物能减轻输尿管水肿，促进结石排出。如果结石比较大，产生梗阻，则需要采取手术治疗，比较常见的手术包括体外冲击波碎石术、经皮肾镜碎石术、输尿管镜碎石取石术等。
