乙肝小三阳的治疗方法取决于患者病毒复制、家族史、肝脏病变严重程度等情况：
如果乙肝小三阳还伴有病毒复制DNA阳性，同时有肝硬化或者肝癌家族史，或者肝脏病变（表现为发炎、肝纤维化、甚至肝硬化、肝癌）。这时候需要配合医生使用抗病毒药物（如恩替卡韦等），同时可能还需要使用些保肝药物（如还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱等）做保肝治疗。
如果只是乙肝小三阳，但是DNA阴性，没有肝硬化或者肝癌家族史，肝功能正常，肝脏没有明显病变。说明疾病处于稳定期，暂时不需要药物治疗，只需要定期复查。
