儿童矮小症发病率是比较高的，我国发病率约为3%。
因为导致儿童矮小症的原因是非常多的，所以发病率是非常高的。儿童矮小症主要与环境、遗传、营养以及疾病等因素有关。
如果直系亲属中存在矮小的情况，后代发生矮小的概率会明显的增加。同时矮小症与生长激素缺乏有很大的关系，如果夜间睡眠质量不好或者是睡眠时间过短的情况下，都可能会导致生长激素分泌不足，就会导致矮小症发病率明显的增高。部分儿童存在挑食偏食，导致营养摄入不足，也会影响最终身高，建议尽早避免。
