胰腺囊肿有一定的恶变可能，但恶变的几率较低。
胰腺囊肿可分为假性囊肿与真性囊肿两个类型。其中假性囊肿多发于坏死性胰腺炎患者，恶变的可能性极低，并且一般可以通过保守治疗进行缓解。若保守治疗三个月后，假性囊肿体积还相对较大，则需要通过引流手术进行缓解。
真性囊肿的发病部位一般为胰头部。出现此类型的囊肿后，若不进行治疗，囊肿可能会因长期受到刺激而逐渐增大，使囊肿发生恶变，出现囊腺癌。并且导管内乳头状黏液瘤以及黏液性囊腺瘤等类型的胰腺囊肿，病变的几率较高。
