小儿斜视的发病原因较多，常见原因有以下几种：
共同性斜视的原因主要包括神经支配异常、非调节因素异常、解剖结构异常、屈光不正。其中以屈光不正最为常见，屈光不正会改变神经支配，从而影响眼位。如果患儿同时存在近视，未进行矫正，在看近时比正常人少用调节，会减弱调节性之间的刺激结合，可能会发展为外斜视。
麻痹性斜视的原因主要包括先天性发育异常和后天疾病。先天性者在出生时或在出生的早期，即可发现斜视，主要为先天性的发育异常所导致。后天性疾病则多为颅内损伤、颅内炎症、中毒等因素所导致。
