儿童造血干细胞移植首先是选择好的配体，使用药物抑制免疫，降低排异反应，然后进行骨髓移植，移植以后需要积极使用抗排异的药物进行治疗。
儿童造血干细胞移植需要选择配型合适的骨髓捐献者，然后抽取骨髓。针对患者需要及时使用免疫抑制药物阻断免疫反应，降低发生排异反应的概率，提高移植成功率。然后积极进行骨髓移植，即麻醉以后将骨髓干细胞移植到患儿体内。
移植后，患者需要在层流病房观察以及使用抗排异反应的药物，降低发生感染的风险，尤其是致死性感染，需要动态监测骨髓增生情况。
