甲状腺功能减退目前常用的治疗方法就是甲状腺激素替代疗法。这是因为甲减产生一系列临床表现的原因就是因为甲状腺激素合成和分泌减少，所以在治疗上要为患者补充日常身体所需的甲状腺激素。
在临床上甲状腺激素替代剂量要根据患者的具体情况来决定，这种甲状腺激素的替代治疗并不能恢复受损的甲状腺，因此这种治疗一般是终身的，并且在药物治疗的维持期还需要定期检查患者的甲状腺功能，有助于调整药物用量。
此外，甲状腺功能减退患者可配合使用中药进行治疗，如临床上常使用健脾补肾药物，也有助于改善患者病情。
