肛周脓肿形成的主要原因是感染。
肛隐窝的开口向上，类似于一个口袋。当有粪便向下运动时，其周围很容易累积粪便。长期的粪便累积，使细菌大量繁殖，出现感染。肛线周围的肌肉淋巴引流十分丰富，感染可沿不同方向蔓延扩散，从而形成脓肿。
另一方面，肛门和直肠的手术或者是外伤也可以造成感染，导致肛周脓肿的发生。
还有一小部分肛周脓肿继发于一些消化系统疾病。如克罗恩病，恶性肠道肿瘤或者是肠道结核。
还有一小部分感染可能是由于全身免疫系统下降，如糖尿病，白血病，艾滋病等。这些疾病导致肛周抗感染能力下降，肛周本身的污染物就较多，所以肛周脓肿形成的可能性就会大大增加。
