胃肠镜操作流程上是不同的，首先是胃镜，检查前会让患者口服局部麻药，麻醉一下咽喉部，减少不适反应。操作的医生，将电子胃镜通过口腔、咽部，进入到食道，依次观察食管、贲门、整个胃部，十二指肠球部，十二指肠降部的黏膜。观察黏膜有无炎症、糜烂、溃疡，或者有无息肉，或者怀疑有无癌前病变、肿瘤等，对可疑病变，可以进行活检，做病理的检查，明确病变部位的性质。当然也可以同时进行很多内镜的微创手术治疗，比如止血，息肉或早癌的微创切除手术等。
肠镜又称结肠镜，与胃镜不同，是用来检查下消化道，包括直肠、和全部的结肠。在进行充分的肠道准备基础上，通过肛门进入肠道，依次可以观察直肠、结肠黏膜，也包括回盲部，和部分回肠。与胃镜一样，对发现某些病变可以进行取活检做病理明确诊断，也可以做结肠镜下的微创手术治疗，比如息肉切除。
