儿童鼻窦炎中大约40%的急性鼻窦炎可能不治而愈。症状明显者应行药物治疗，包括全身用抗生素、抗过敏药物及鼻用皮质类固醇激素等，血管收缩剂要慎用，虽然能快速缓解鼻塞，但长期使用会引起药物性鼻炎等并发症。
儿童鼻窦炎的治疗策略称为三步的阶梯治疗：
首先，采用药物治疗，包括抗生素、鼻用糖皮质激素等，可辅以生理盐水鼻腔冲洗或鼻腔雾化吸入等。其次，可辅以腺样体切除术，腺样体切除的目的是清除细菌附着的场所，减轻后鼻孔的堵塞，腺样体切除后大约70%的鼻窦炎可以改善和治愈。最后，采取鼻窦手术。手术应选择功能性鼻内窥镜手术，手术主要针对前筛和鼻道窦口复合体的病变，尽可能保留鼻腔的黏膜和骨质。
