胆结石最常用的检查方法包括超声、CT和磁共振等。其中超声检查是最常用的检查方法，它简单易行、价格便宜，大多数胆结石都可以通过超声检查来发现，是胆结石的常规筛查手段，但它对胆总管结石和肝内胆管结石的观察不够清楚，此时往往需要通过CT或者磁共振来进一步明确。其中磁共振没有辐射，且能清楚显示胆管系统，是明确肝胆管结石最好的检查手段之一。通过CT和磁共振，可以更直观地明确结石的大小、部位、数量以及胆管有无扩张，肝叶有无萎缩，以及有无合并肿瘤等，从而制定最合理的治疗方案。
