甲状腺结节手术后并发症主要有手术后出血，如果出血很多甚至形成血肿压迫气管，可引起窒息，多发生在术后48小时以内。还有就是气管软化，是甲状腺结节切除后气管软化塌陷，可引起窒息，如抢救不及时可危及生命。如果术中损伤喉返神经，手术后可出现声音嘶哑、饮水呛咳等并发症。若是甲状旁腺损伤，手术后可因低钙出现抽搐，暂时性甲旁腺损伤随着时间推移会恢复，永久性损伤可能需要终生补钙治疗。
术后36小时以内也可能发生甲状腺危象，患者可表现为术后高热、脉搏细速、呕吐和精神症状等，病情比较凶险。
